¿Por que el agua es transparente?

El agua es transparente a la vista y no tiene color. Esto se debe a que no hay nada en el agua que refleje la luz. Cómo no hay nada que refleje la luz el ojo humano no puede "ver" color alguno. 

tomado de rarinero.blogspot.com

La luz que viene del sol contiene todos los colores. Si hacemos pasar la luz por un prisma observaremos como esa luz solar se "descompone" en muchos colore, en lo que se conoce como el espectro de luz visible. Se podrá observar el azul, el rojo, el violeta, el verde, etc, etc. El agua absorbe todos los colores y no refleja ninguno, por tanto no veremos ningún color en el agua.

Cuando observamos un gran cuerpo de agua grande como por ejemplo el mar veremos que tiene un color azul. ¿Por que? Sucede que el color azul no es absorbido totalmente por el agua y es reflejado en parte. Entonces, cuando tenemos un gran cuerpo reflejando un poco de luz azul veremos el mar azul. Pero si tomamos un vaso de agua de mar y lo miramos veremos que el agua es clara. Poca agua de mar refleja poco o casi nada de color azul  y por eso la vemos clara. Mucha agua de mar (cuando observamos la playa completa) refleja un poco mas de color azul y entonces el ojo lo detecta.

También sucede que en el mar hay sales disueltas y esas sales puedes reflejar la luz. Dependerá entonces de lo que haya en el gua para observar un determinado color. Cuando ciertas algas rojizas crecen mucho en el mar o en un lago (un fenómeno conocido como marea roja) entonces veremos ese lago o mar de color rojizo.

Entonces el agua no tiene color por que no refleja nada de luz y no tiene nada que refleje la luz. SIn luz reflejada el ojo humano no puede detectar el "color" de esa agua.